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Pdb (protein data bank) es una base de datos internacional que almacena datos sobre la estructura de las proteínas. Proporciona información sobre la estructura de las proteínas a nivel mundial, incluidas coordenadas atómicas, topologías estructurales y otros resultados experimentales y computacionales relacionados. La base de datos del PDB es gestionada y mantenida conjuntamente por varias organizaciones de cooperación internacional.
El objetivo principal de la base de datos PDB es proporcionar detalles sobre la estructura de las proteínas a investigadores científicos, biólogos y diseñadores farmacéuticos, entre otros. Las proteínas son moléculas vitales en los organismos vivos y comprender su estructura tridimensional es muy importante para comprender su función e interacción. A través del pdb, los investigadores pueden acceder a decenas de miles de estructuras proteicas y realizar diversos análisis y estudios comparativos.
Cada entrada en la base de datos del pdb representa una estructura proteica que incluye una descripción detallada de la información de secuencia, la estructura topológica y la composición química de la proteína. Estos datos son obtenidos por técnicas experimentales (como Cristalografía de rayos x, resonancia magnética nuclear, etc.) o métodos de simulación computacional (como simulación de dinámica molecular). La base de datos pdb también ofrece una serie de herramientas y recursos para ayudar a los investigadores en la visualización estructural, predicción funcional y diseño de medicamentos.